인도네시아 종합대학은 교육부 소속 대학과 노동부 소속 대학으로 나누어진다.
일반대학의 개념인 SARJANA1(S1), 전문대 개념인 DIPLOMA3(O3), 대학원 과정인 SARJANA2(S2)
박사과정인 SARJANA 3(S3)가 있다. 입학은 그다지 까다로운 편이 아니어서 외국에서 12년 이상의 전 학교 정규 과정을 이수한 자 및 외국인으로서 인도네시아 내의 교육기관에서 중, 고등학교 교육과정을 이수한 자로, 가능한 인니어 또는 영어에 의한 의사소통에 별 지장이 없는 자는 간단한 시험으로 입학할 수 있다. 그러나 졸업 시 국가고시를 전부 통과해야 하므로 어렵다. 외국 유학생은 현지 학생 등록금의 두 배를 받기 때문에, 지원자는 학교와 연락을 취하여 입학금 (기부금) 및 등록금이 얼마인지 확인하여야 하며, 입학 후 외국인은 문교부로부터 반드시‘취학허가서(IZIN BELAJAR)를 받아야만 입학 후 학생비자를 취득할 자격이 부여된다.
* UNIVERSITY OF INDONESIA（UI)
자카르타 수도에 위치한 UNIVERSITY OF INDONESIA는 인도네시아 대학 중 가장 명문으로 꼽히는 대학이다. 입학시험이 굉장히 어려워 외국인은 들어가기가 어렵다고 한다. 논문 통과 시, 의과대학을제외한 일반학과는 보통 졸업하기까지 4-5년이 걸린다. 12개의 학부와 외국유학생을 포함해서 약 30,000명이 넘는 학생이 다니고 있다. 유명한 학과에는 경제학, 법대, 의대 등이 있다.
* BIPA(언어연수과정)
BIPA란 외국인을 위한 INDONESIA 어학교실, 즉 한국의 연세대학교의 어학당과 같다. BIPA의 수업시간은 약 20주 단위로 구성되며, 매년 1월과 8월에 시작한다.
* GAJAMADA UNIVERSITY(UGM)
족자에 있는 가자마다대학은 23개의 단과대학과 2천2백 명의 교수진, 그리고 3만 5천명의 학생을 보유한 인도네시아 최대규모의 대학이다. 외국인 학생들을 위한 어학과정을 운영하고 있으며 전 세계의 외국 유학생 약 520명이 이 학교에서 수학하고 잇다. 또 일 년에 한 번씩 외국인 학생의 날을 정해 외국인들의 친목을 도모하고 있다. 이 대학의 졸업식은 연 4회 분기별로 있으며, 학부생의 졸업이수 학점은 160학점이며, 석사과정은 45학점이다. 정상적으로 졸업하는 학생이 5년 정도 걸리고 학생에 따라서 늦으면 8년이 걸린다. 유명한 학과로는 물리학, 역사학, 법대 등이 있다.
*INSTITUTＴ TEKNOLOGI BANDUNG(ITB)
반둥시내 북쪽에 넓게 자리 잡은 ITB 공과대학은 인도네시아에서 가장 입학하기 힘들고 졸업하기 힘든 학교 중에 하나이다. 세계 40위를 유지하고 있으며, 초대대통령인 수카르노 하타 이외에 수많은 인재를 배출한 곳으로 유명하다. 학부생의 졸업이수 학점과 졸업 년 수는 타 국립대학과 같다.
* UNIVERSITY KERISTEN INDONESIA(UKI)
학교 부속병원, 넓은 2개의 캠퍼스를 자랑하는 명문대 중의 하나인 크리스챤 대학교 UKI는 6월부터 8월까지 매주 토요일 월 4차례에 걸쳐 총 12차례의 입학시험을 치루며, 종교대학의 장 단점을 충분히 가지고 있는 학교이다.
* UNVERSITAS KATOLIK INDONESIA（ATAM JAYA）
아시아 지역 카톨릭 대학중의 하나이며, 사립 명문 대학 중의 하나이다. 아뜨마 자야 대학교는 총 6개의 단과대학대학 내에 11개의 학과가 있으며, 종합병원과 2개의 캠퍼스를 보유하고 있다.